El Baikal se encuentra casi en el centro de Asia y está significamente alejado de todos los océanos. Al norte del lago están encontrados vastos altiplanicies y llanuras que no obstáculizan el acceso del aire ártico frío. Desde el sur, al reves, se levantan las cordilleras altas tras las cuales se extiende el desierto Goby.

Los vientos occidentales que dominan en el hemisferio norteño pierden casi toda su humedad en el camino desde el océano Atlántico y lo llevan a las orillas del lago en la cantidad insignificante. Debido a las particularidades geográficas de la posición el Baikal resultó encontrarse dentro de la zona del clima continental moderado que es propio de la mayor parte de Siberia Oriental. Le es propio el verano cálido y seco junto con el invierno frío con la formación de la cubierta de nieve profunda, así como las diferencias de la temperatura durante un día. Pero el mismo Baikal influye de cierta manera en el clima cuando no se está helado.

Las condiciones de la formación del clima de los hondones grandes de lagos son tan peculiares que esto ha estimulado a los científicos investigar un tipo del clima particular de lagos (limnoclima). El volumen inmenso del agua suaviza el carácter continental, aumenta la humedad en el litoral y contribuye a la elevación de la temperatura en invierno y su descenso en verano. La temperatura media anual en el Baikal se diferencia en sus varias partes, pero en total no supera -0,7 С. Sólo en el lugar único de la costa, en la bahía Peschanaya alcanza +0,4 С. La cantidad de los días soleados también depende de la zona del litoral: más a menudo hace sol en la isla de Oljón y en el estrecho del Mar Pequeño mientras que en la parte sudeste, a pie de la cordillera Jamar-Dabán casi siempre llueve (o nieve) y está nublado. La cantidad de las precipitaciones que caen al año se varían de 200 mm en la isla de Oljón hasta 1145 mm en Jamar-Dabán.

La transparencia y claridad de la atmósfera hace posible ver las cumbres de montes que están alejadas a 200 kilómetros. Sin embargo, esto es posible sólo si no hay niebla por encima del agua que sucede bastante a menudo debido al contraste subido entre el agua fría y el aire calentado. Un fenómeno más del lago es la formación de las nubes en invierno debido a la evaporación intensa del agua.