La profundidad del Baikal por primera vez fue medida por los pescadores locales. Las investigaciones batimétricas de gran importancia fueron realizadas por los científicos B.Dybovsky y V. Godlevsky que al mismo tiempo investigaban los organismos de fondo. Las profundidades más grandes del Baikal están cerca de la costa oriental de la isla Oljón, entre los cabos de Izhimey y Jara-Jushún, a 8-12 kilómetros hacia el este de la costa.

En 1960, durante las medidas con la sonda de amarra realizadas desde el hielo, fue registrada la profundidad de 1.620 metros. En el nuevo mapa batimétrico publicado en 1974 los datos de la medición de eco-sonda ya estaban precisados tomando en cuenta la velocidad del sonido en el agua. Así, la profundidad resultó ser equivalente a 1.637 metros.

Durante la expedición del año 2008 fueron realizados los sumergimientos de los aparatos submarinos llamados “Mir” con los científicos a su borde. Los “Mir-1” y “Mir-2” alcanzaron la profundidad de 1.580 metros. Inicialmente, la expedición científica rusa había afirmado que se trataba de un récord, pero no lograron llegar a la meta de 1.680 metros como se habían propuesto_ debido a un fallo técnicoc en el sistema de navegación. Esto es el nuevo récord mundial de la sumersión de los aparatos abisales en el agua dulce, así como la nueva marca de la profundidad del lago. En total, durante la expedición de los aparatos de “Mir” que llevó a cabo sus investigaciones el 29 de julio en el año pasado fueron realizados 160 sumergiminetos. Los objetivos y las tareas de la expedición concluían en las investigaciones del relieve del fondo del lago Baikal y sus características tectónicas y geológicas. Además, los científicos de las instituciones diferentes piensan investigar el ecosistema del lago y los depósitos de hidrocarbono.

El fondo del Baikal tiene el relieve partido. A lo largo de la costa del Baikal están presentes estiajes costales y cuestas submarinas en el grado más o menos significativo. Están bien expresadas las depresiones de tres cuencas principales del lago. Hay siquiera cordilleras submarinas. La cordillera más grande es Akademichesky que está extendida desde la isla de Oljón hasta las islas Ushkany. Su extención equivale a 100 kilómetros, su altitud máxima por encima del fondo del lago es de 1.848 metros. Si es verdad que el espesor de los sedimentos de fondo del Baikal es sobre 6.000 metros, como fue fijado con ayuda de las investigaciones gravimétricas, entonces se pueda suponer que en el Baikal están inundados los montes más altos del planeta que superan 7.000 metros de altura.